بوش دستور عملیات‌های مخفی در مرزهای ایران، شامل کمک به گروه‌های قومی (بلوچ‌ها و کردها) و نظارت اطلاعاتی را صادر کرد.

افشاگری‌های سیمور هرش

روزنامه‌نگار تحقیقی سیمور هرش در گزارش‌هایی در نیویورکر (۲۰۰۶–۲۰۰۸) فاش کرد که آمریکا عملیات‌های مخفی در مرزهای ایران اجرا می‌کند:

• کمک به گروه‌های قومی مسلح بلوچ و کرد داخل ایران
• عملیات‌های نظارت و جمع‌آوری اطلاعات درون خاک ایران
• کمک به گروه MKO/PMOI که در فهرست تروریسم آمریکا بود

بودجه

کنگره بودجه‌ای نزدیک به ۴۰۰ میلیون دلار برای این عملیات‌های مخفی تأیید کرد.

ابعاد عملیات و گروه‌های هدف

کردهای ایران

سازمان PJAK (حزب حیات آزاد کردستان) — شاخه ایرانی PKK — از جمله گروه‌هایی بود که گزارش‌ها از ارتباط آن با نیروهای آمریکایی در عراق خبر می‌دادند. این گروه در کوه‌های مرزی ایران و عراق فعالیت می‌کرد و عملیات‌های مسلحانه‌ای در داخل ایران انجام می‌داد. دولت ایران بارها اعلام کرد که آمریکا و اسرائیل از PJAK حمایت می‌کنند.

بلوچ‌های سیستان‌وبلوچستان

گروه جندالله که عملیات‌های مسلحانه‌ای در جنوب‌شرق ایران انجام می‌داد نیز در این گزارش‌ها ذکر شد. جندالله در سال‌های ۲۰۰۷ تا ۲۰۱۰ چندین حمله مرگبار در استان سیستان‌وبلوچستان انجام داد که ده‌ها نفر از جمله افسران سپاه را کشت. آمریکا رسماً ارتباط با این گروه را رد کرد.

اعراب خوزستان

گزارش‌هایی از تماس با گروه‌های عرب‌زبان استان خوزستان نیز وجود داشت که از استقلال یا خودمختاری بیشتر برای «عربستان» (نام غیررسمی خوزستان در نزد برخی عرب‌ها) دفاع می‌کردند.

نظارت اطلاعاتی در خاک ایران

علاوه بر حمایت از گروه‌های قومی، عملیات‌های مخفی شامل موارد زیر هم بود:

• عبور تیم‌های اطلاعاتی از خاک عراق به داخل ایران
• نصب تجهیزات شنود و نظارت در مناطق مرزی
• شناسایی هوایی در فاصله نزدیک با خاک ایران
• عملیات سایبری اولیه که بعداً به پروژه استاکس‌نت منتهی شد

ارتباط با احتمال جنگ

هرش در گزارش «آماده کردن میدان نبرد» (ژوئیه ۲۰۰۸) نوشت که این عملیات‌ها نه‌تنها برای جمع‌آوری اطلاعات بلکه برای آماده‌سازی شبکه‌هایی است که در صورت حمله نظامی به تأسیسات هسته‌ای ایران فعال شوند. برخی مقامات نظامی آمریکا که نامشان فاش نشد، نگران بودند این عملیات‌ها ایران را به واکنش‌های نظامی تحریک کند.

موضع کنگره

گزارش هرش موجب بحث‌های جدی در کنگره شد. برخی نمایندگان اعلام کردند آگاهی کافی از حجم و ماهیت عملیات‌ها ندارند. سناتور جوزف بایدن در این زمینه تحقیق کمیته‌ای را خواستار شد.

میراث دوران بوش

عملیات‌های مخفی دوران بوش الگویی بود که در دولت اوباما هم ادامه یافت — البته با تمرکز بیشتر روی عملیات سایبری به جای حمایت از گروه‌های قومی. ترور دانشمندان هسته‌ای ایران در سال‌های ۲۰۱۰–۲۰۱۲ نیز در ادبیات اطلاعاتی به عملیات‌های مشترک اسرائیل و آمریکا نسبت داده شده است.